工程中心利用自身的特色和优势，积极构建国内外学术交流平台，先后与中国气象局、江苏省气象局、中电12所、14所、38所、东南大学等科研机构院所开展广泛合作，其中中国气象局大气探测中心与南京信息工程大学合作共建“毫米波雷达重点实验室”，与江苏省北斗产业联盟北斗研究院签署共建“北斗卫星气象应用与产品检测研究中心”协议，相关合作建设工作正在进行中。
除科研院所外，工程中心积极与更多高新科技企业洽谈合作，争取建立更多的企业研究院，加快工程中心成果转化。
在科研学术交流方面，除每年一届的工程中心学术年会外，工程中心与国内外大学、国家级和省部级工程中心、科研机构、企业进行学术和工程交流，提高工程中心人员的科技创新能力和人才培养水平，扩大工程中心在国内外的影响。目前已邀请国际知名专家来中心讲学20余次，其中包括中国科学院院士贲德院士、日本NiCT研究员李可人教授、美国佐治亚学院马晓莉副教授、南京大学张兴敢教授、日本埼玉大学马哲旺教授等，搭建了广阔的学术交流平台，营造了浓厚的学术氛围。选派了11名青年教师去国外进修和进行科研合作；参加举办2次国际国内学术会议。